“成祖择天下形胜，建都北平，去长江綦远，百司庶府，卫士编氓，一仰于东南之粟，于是漕议始重”。明初，漕粮是海陆兼运，后因海运险恶，陆运艰难，于是又有疏凿漕道重行水运之议。成祖九年(1411年)，因爱惜民力未许。其后济宁州同知潘淑正上疏言：“旧会通河四百五十里，淤塞者三分之一，浚而通之，非唯山东免递运之苦，实国家无穷之利。”于是重新浚会通河(临清经东平、济宁至台庄段)，西南流至南旺，中分，北达卫水，南出济宁。运道遂通，乃罢海运。成祖永乐十年(1412年)命陈（王宣）专理河漕，陈深知“运漕必先治水”的道理，“乃浚清江浦”，“以避淮河风涛之险”；“浚瓜州、仪征二坝”，“以平水怒”；对济宁、南旺、高邮诸湖，“筑长堤以蓄巨潴”；“开泰州白塔河，以通大江”；“凿高邮渠四十里，以便舟楫”；自淮至临清，“增闸四十有七，以便蓄泄”；“自淮安至通州河滨置庐舍五百六十八所，居卒以治浅”；“置仓于淮安、徐州、临清、通州，以便转运”。(摘引自《古今治平略二，明漕运》)。漕运事经如此周密经营，山东运河南段及淮南运河，数十年漕路无虞，运道无阻。其时江浙大米皆由长江运至淮安新城和城北的末口，然后陆运过坝北上。淮安在漕运中和在促进南北经济文化交流方面再度显示了它的特殊地位。

重疏会通河，是明代在治运事宜上一桩明智措施。元时会通河已渐壅阻。永乐十三年(1415年)采用当地官员向英的建议，在山东东平县戴村和（土罡）城两处建坝，将汶水和沿线泉水、溪水全部汇集起来，引到运河分水岭南旺，并在南旺建闸分配水量，南旺向北流至清河的占十分之六，向南流至济宁的占十分之四，以保证运河南北的水源。由于南旺南北地势高差大，河道城度陡，为降低水速节制水量，在南旺北段建闸17座，南段建闸21座，以保证漕船能顺利通过分水岭南旺。至此，南北3千多里大运河得以畅通，年漕运量最高竟达500多万石。

清初，漕运仍沿用明制，继续推行“长运法”，即将各州县征集的漕粮，运至附近口岸，向军船交兑。淮安、徐州二仓附近漕粮，贮由民运直接交仓，然后循运河统运京都。当时淮安卫头帮负责兑运苏、常二州属漕粮，配置屯丁760名，由粮储道掌管。每船配置漕运丁1名、熟练水手9名，10人1船，10船1小帮，实行互保，1船出事，10船联坐。在漕运管理上是比较完善的。在治河措施上，基本上采用明代“借水攻沙”、“借黄济运”和“蓄清刷黄”等的办法。对于苏北里运河堤防，主要是培修两岸大堤，如此年复一年，反使河底淤积日增，隐患更甚。这里既表明了当时治水科学的极其落后，也反映了封建统治者愚昧无能，面对滚滚洪流已心劳日拙，无以为计了。自顺治十六年(1659年)至康熙七年(1668年)，由于归仁堤、古沟、翟家坝、王家营、刑家口等处决口不及堵塞，河患日益严重。顺治十六年，归仁堤再次决口以后，淮水由高邮、宝应诸湖直泻运河，从清口以下，流缓沙停，海口积垫，日渐淤高。康熙十五年(1676年)“各地又复大水，黄淮又复并涨”。自清江浦至海口约300里，往日黄河水面在清江石工之下，当时石工已淤成平陆；往日河身深2、3、4丈不等，当时深者不过8、9尺，浅者2、3尺。黄河淤，运河亦淤，淮安城垛己逐渐低于河底了。至乾隆三十九年(1774年)8月，河口决堤，淮安、淮阴、阜宁、盐城等县尽成泽国，庐舍漂没，淮安漕运由此中断多年。

因为“黄河南行，淮先受病，运亦受害，由是治河、导淮、济运三策，群集于淮安末口一隅”。其时淮安“施工之勤，靡帑之巨，人民田庐之频（止夕）受害，未有甚于此者”。

清代中叶以前，东南之粟，仍赖运河北调，经淮安的漕粮仍相当可观。以往东南漕船由清口至董口，须经黄河200余里。“康熙二十五年河道总督靳辅因黄河风涛险恶，于是自骆马湖凿渠，经宿迁、桃园(今泗阳)至清河仲家庄河口，取名曰“中河”。从此，粮船沿运河经淮安西北出河口后，仅行黄河数里即入中河，直抵张家河口，避免了黄河180里险道，航行安全，漕运称便”。开凿中河，使中运河水势基本上稳定下来，达到“黄运分立”，这是清代河督在治河方面的一大贡献。但是，黄河横亘东西，运河纵贯南北，作为中河、里运河(淮阴至扬州)、黄河、淮河交汇处的淮阴、淮安，就成为水流矛盾的尖锐之处。

乾隆初，又大浚运河，淮安府属的山阳各县漕粮，试行每石改征折银l两。乾隆二十六年(1761年)又因淮安北清河、桃园两县不产米粟，遂令先动司库银两，“按照时价或就地或在外地采办，令民输银还款，谓之民折官办。其后阜宁各县皆行之”。乾隆末，南旺以南运道又复阻塞，各省漕粮，惟山东可通漕河北去，余均押抵淮安。

嘉庆年间，黄淮肆虐，河患日深，运道屡塞，因“借黄济运”，以通漕舟。但是弊端很多。嘉庆十四年(1809年)，淮扬运河300里浅阻，两淮盐政司俟9月内漕舟过竣，随堵塞清江三坝，筑坝断流，自清江至瓜州分段挑浚，虽获得一时之效，但难收根治之功。以后黄河泥沙使河床淤高，至咸丰年间(1851年至公元1861年)黄河改道由山东入海，淮安北边的黄河形成废黄河，南北漕运再次受阻。

自清初至咸丰期间，由于黄淮侵运，多处运道是屡浚屡塞，漕运也随之时续时断，所以清中叶以后又有恢复元时海运的议论。当时由上海雇商船海运京都，民皆称便；又因乾隆年间试行糟粮折现之法，于是运河漕运渐废。

明代至清中叶是漕运繁重时期，也是淮安水运鼎盛时期。这期间，经淮安北上的漕粮年达400万石，经淮安南运的正纲盐年在130多万引(每引约200市斤)。除漕运、盐运之外，杂货、手工业等商品入境、过境的数量也十分惊人。淮安城以及城北的河下是商品物资的集散地，清乾隆年间，淮安榷关收取的关税每年多达几十万白银，可见其时运输规模之大。吴承恩的《秋兴》诗中有“日观千樯通贡篚，云旌双郭引清笳”之句，就是他当时观赏淮城以至河下河运盛况的记实。明初，大学士邱浚途经河下时，曾赋诗赞曰：“十里朱旗两岸舟，夜深歌舞几曾休，扬州千载繁花锦，移在西湖嘴上头。”又形象地反映了当时淮安歌舞升平的景象，简直可以与“春风十里扬州路”相媲美了。清中叶以后，淮安漕运渐趋衰落，至清末终于一蹶不振、“寿终正寝”了。