京杭运河在唐以前称为沟、渠、漕渠、运渠，宋代始有运河之称，至元代渐成通称。它由历代分段开凿，至元代始陆续完成。隋唐宋时的运河，是由涌济渠、山阳渎、孟渎和永济渠联络而成。

元代定都北京，为避免绕道，一是开凿从山东东平至临清的会通河，一是开凿从通州到大都的通惠河，同时对山阳渎、孟渎加以疏浚。元朝这两段运河与隋朝的运河相连接，从大都到淮南、南北要比隋代的运河缩短了500华里。这就是今天的京杭运河。

元代运河大体上可分八段：大都至通州谓通惠河，通州至天津谓北运河，天津至临清谓南运河，临清至东平谓会通河，东平至江苏邳县谓中运河，淮阴至瓜州谓淮南运河，一名江北运河，原即隋炀帝所开山阳渎故道，丹徒之京口至丹阳谓江南运河，丹阳至浙江省杭州谓浙江运河。至此可知，元代对于完成沟通我国五大水系的伟大工程的京杭运河，具有一定功绩。

1135年金兴起至1260年元世祖建立元朝行将统一全国这一时期，因为战乱频仍，一方面是南北漕运完全停废，一方面则是水利失修，造成运道多处淤塞。当时淮安以北至山东东平一段，就因黄水侵淮，致使南旺、沛县、邳县三段浅涸。《中国图书集成》1120卷741页有一段关于山阳渎兴替的记载：“古山阳渎也，隋开皇六年凿……三国时以无运而塞，隋因开城而广之，五代亦以不运而涸，周以平吴而浚之，元无以兵阻而废。”可见元初山阳渎因战乱淤浅，漕运趋于败落的状况。

1279年元灭南宋全国统一形成后，元世祖即疏凿运河，恢复漕运。因为当时东南漕粮由清口以至董口，须经黄河200余里，风涛险恶，漕船时有倾覆。为保证大都粮食供应，特又开辟了海运航线。这条航线是从长江的刘家港出发，经黄河、渤海，直到直沽，转往大都。通过海运的东南之粟，最多时，年达300多万石，南北海道成为元朝运输粮食的一条重要航线。对此，《古今图书集成》、《中国水利史》第五章《运河》中亦有一节记述：“终元一代，始终以海运为主，河运为辅，海运量最多时年达三百多万石，河运量不过数万石。”

宋元交替之际，南北漕运停废，山阳渎北段一度壅塞淤浅。这一时期，是淮安水运处于低潮时期。元统一全国恢复漕运后，虽曾在淮安设立过漕运总督署，统管南方诸省漕运，但因其通过海运的很多，通过河运的甚少，所以淮安水运远不如隋唐时的盛旺。

元代时，淮安南北漕运衰落，盐运却有所发展。

淮南沿海地区的煮盐业，早在秦汉时代就已经兴起。迨黄河夺淮入海后，范公堤以东沿海海岸线迅速向外伸展，堤东原有盐场，到元代已是“海远卤淡渐不宜盐”，产量下降。至元代中叶，为不影响盐课收入，于是向淮北开发，淮北盐场因之而兴起，产量日增，逐渐取代了淮南盐业，淮安盐运也随之兴旺起来。当时淮安城北河下镇最大的商业就是盐业。苏北沿海所产的食盐统称淮盐，产量、质量均为全国之冠。淮北食盐在坨地集中后大都通过盐河转入运河抵淮安，也有先陆运即由板浦车运至安东(今涟水)渡黄，经草湾对岸的盐河运抵河下镇，而后再分发转运皖、豫及苏南各地销售，当时河下曾设有数十处盐堆栈、经淮安年运销正纲盐达140余万引(每引合200市斤)。对此，《淮安府志》卷曾记载：“淮安城北为淮北纲盐屯集地，任盐商者皆徽州、扬州高资巨户，役使千夫。”其时，淮城与城北河下已成为北盐南销的“中转站”，商贾辐辏，百货山列，真可谓盛况空前。