在新文化运动的前期，陈独秀的激进的革命民主主义是以进化论作为哲学基础的。他认为进化论反对宗教，反对听天由命，教导人们要以智力胜天。正因为有了进化论，物力和人力，生产和科学才能迅速发展。生存竞争、优胜劣败的理论促进了西方社会文明的进化。“自宇宙之根本大法言之，森罗万象，无日不在演进之途”(《敬告青年》。“万物之生存进化与否，悉以抵抗力之有无强弱为标准。优胜劣败，理无可逃。”所以，他一再强调：“世界一战场，人生一恶斗，一息尚存，决不逃遁苟安之余地。”(《抵抗力》)人应该做征服者，而不要自居于被征服者的地位。中国人没有斗争精神的劣根性，是由于长期封建专制统治和孔子学说造成的，不改变这种劣根性，中国人就无法在世界上获得独立自主的地位。陈独秀还以进化论为武器，有力地抨击了“老尚雌退，儒尚礼让，佛尚空无”的传统影响，指出必须消除这种传统观念，强调入力胜天，强调革命斗争。

陈独秀认为，进化论与经验论、功利主义是结合在一起的。要改变那种以亡国贱奴自处的根性，就必须提高人们的伦理觉悟，建立起讲求个性解放、个人主义与功利主义的人生观。他说：“人之生也，求幸福而避痛苦，乃当然之天则。”人的活动所要达到的目标就是：“内图个性之发展，外图贡献于其群。”避免痛苦，追求幸福是道德的基础。道德责任以意志自由为前提，所以要尊重个人独立自主的人格，不为他人的附属品。因此，“执行意志，满足欲望，(自食色以至道德的名誉，都是欲望。)是个人生存的根本理由，始终不变。(此处可以说‘天不变道亦不变’)。”(《人生真义》)这显然是抽象人性论观点，而且也把意志形而上学化了。

陈独秀的哲学理论有其科学与现实主义的一面，认为科学就是“吾人对于事物之概念，综合客观之现象，诉之主观之理性而不矛盾之谓也”(《敬告青年》)。肯定科学要“事事求诸证实”，肯定真理是客观的，不是凭空构想出来的。他也强调现实主义，认为教育要把现实主义放在第一位。指出：“唯其为现实也，……此近垂欧洲之时代精神也”，“一切思想行为，莫不植基于现实生活之上”(《今日之教育方针》)。陈独秀的现实主义精神包含有唯物论的因素，这就为其向唯物史观转化奠定了有利基础。

1920年陈独秀发表了《谈政治》一文，标志他已由激进民主主义者转变为马克思主义者，他对“民主”的解释已经变成了社会主义民主的观念。在反对假社会主义、批判无政府主义的论战中，大力宣传科学社会主义。1921年，在复蔡和森的信中，指出：“唯物史观是研究过去历史之经济的说明，主张革命是我们创造将来历史之最努力、最有效的方法。”二者是统一的。他认为“唯物史观的要义是告诉我们历史上的一切变化是随着经济制度的变化而变化的”。根据这个“要义”，他引伸出用革命方法创造将来的三点教训：“一种经济制度要崩坏时，其他制度也必然要跟着崩坏，是不能用人力来保守的”；“我们对于改造社会底主张，不可蔑视现社会经济的事实”；“我们改造社会应当首先从改造经济制度入手”。因此，“我们固然不能忘了自然进化的法则。然同时我们也不可能忘了人类有利用自然法则来征服自然的事实”。这就是说，人在自然法则面前不是无能为力的，人能够依据进化法则来推动历史前进。马克思主义的科学性与革命性是统一的，并没有“自相矛盾”。可见，陈独秀在哲学上已由进化论转变为唯物史观了。

依据唯物史观的原理，陈独秀还批判了所谓个性自由解放之说。指出：“我们常常有一种特别的见解和一时的嗜好，自以为是个性的，自以为是反社会的，其实都是直接间接接受了环境无数的命令才发生出来的。”所以，“个人不能够自己自由解放，就是一团体也不能自由解放”(《虚无的个人主义及任自然主义》)。最切实的办法就是依据马克思主义的唯物史观来努力改造世界。

1922年，陈独秀发表了《马克思学说》一文，系统的宣传了马克思主义唯物史观关于社会基本矛盾的主要内容，指出当生产力发展到一定阶段，旧的生产关系基本上不能同它相适应；经济基础发展到一定阶段，旧的上层建筑基本上不能同它相适应时，就必然要促使社会根本性质的改变，从而引起社会革命，推进社会的发展与进步。陈独秀的这些看法基本上是符合马克思主义原意的。

1923年在科学与人生观的论战中，陈独秀又对胡适等人的唯心主义多元历史观进行了有力地批判，并在批判过程中进一步阐发了历史唯物主义关于社会存在和社会意识相互关系的原理。他说：“第一，唯物史观所谓客观的物质原因，在人类社会，自然以经济(即生产方法)为骨干。第二，唯物史观所谓客观的物质原因，是指物质的本因而言，由物而发生之心的现象，当然不包括在内。世界上无论如何彻底的唯物论者，断不能不承认有心的现象即精神现象这种事实；……唯物史观的哲学者也并不是不重视思想文化宗教道德教育等心理现象之存在，惟只承认他们都是经济的基础上面之建筑物，而非基础之本身。”又说：“在社会的物质条件可能范围内，唯物史观论者不否认人的努力及天才之活动，我们不妄想造一条铁路通月宫，但我们却不妨妄想造一条铁路到新疆；我们不妄想学秦皇汉武长生不老，但我们却不妨极力卫生以延长相应的寿命与健康的身体。人的努力及天才之活动，本为社会进步所必需。然其效力只在社会的物质条件可能之内。思想知识言论教育，自然都是社会进步的重要工具，然不能说他们可以变动社会解释历史支配人生和经济立在同等地位。”(《答适之》)

陈独秀在新文化运动中是一位杰出的反对封建主义文化的坚强战士，在哲学上他以进化论为武器，提倡科学与民主，提倡个性解放，有力地抨击了封建专制主义与孔子消极保守的学说。他在接触马克思主义以后，能够迅速顺应历史发展的客观规律，勇于放弃旧思想，接受新事物，从进化论者转变成为马克思主义者。在反对封建文化与传播唯物史观运动中，做出了一定的贡献。

陈独秀的主要哲学著作有：《敬告青年》、《抵抗力》、《东西民族根本思想之差异》、《吾人最后之觉悟》、《宪法与孔教》、《孔子之道与现代生活》、《人生真义》、《谈政治》、《马克思学说》、《科学与人生观》序、《答适之》等。