治平四年（1067年）正月，英宗病逝，赵顼即位，是为宋神宗。韩琦拜司空兼侍中，并任英宗山陵使。

《宋史》卷312《韩琦传》记载：神宗立，拜司空兼侍中，为英宗山陵使。

神宗即位不久，御史中丞王陶弹劾韩琦，说他自嘉祐以来，专执国柄，君弱臣强，且“不赴文德殿押班”，专权跋扈。神宗知道王陶实为诬告，将其罢职，但韩琦在英宗的永厚陵复土后，不再入中书门下办公，坚决辞位。

神宗挽留不住，任命他为镇安、武胜军节度使及司徒兼侍中、判相州，并在韩琦入宫奏对时泣道：“侍中（指韩琦）一定要离开，今天已经降制了。”又在东京兴道坊赐他一座宅第，擢升其子韩忠彦为秘阁校理。韩琦辞退所授两镇，仅兼领淮南节度使。

《宋史》卷312《韩琦传》记载：琦执政三世，或病其专。御史中丞王陶劾琦不赴文德殿押班为跋扈。琦请去，帝为黜陶。永厚陵复土，琦不复入中书，坚辞位。除镇安武胜军节度使、司徒兼侍中、判相州。入对，帝泣曰：“侍中必欲去，今日已降制矣。”赐兴道坊宅一区，擢其子忠彦秘阁校理。琦辞两镇，乃但领淮南。

正在这时，守边大将种谔擅自对西夏发起突袭，一举攻占绥州（今陕西绥德），边界气氛骤然紧张，朝廷忧虑。韩琦在尚未赴任的情况下，又奉旨改判永兴军（今西安）兼陕西四路经略使。朝中一些大臣认为绥州孤绝难守，主张放弃。韩琦最初同意放弃，但在陕西宣抚使郭逵的劝说下，反对焚弃绥州。一个月后，西夏国主李谅诈去世，战事暂告平息。

《宋史》卷312《韩琦传》记载：会种谔擅取绥州，西边俶扰，改判永兴军，经略陕西。琦言：“边臣肆意妄作，弃约基乱，愿召二府亟决之。”

琦入辞，曾公亮等方奏事，乞与琦同议。帝召之，琦曰：“臣前日备员政府，所当共议。今日，藩臣也，不敢预闻。”又言：“王陶指臣为跋扈，今陛下乃举陕西兵柄授臣，复有劾臣如陶者，则臣赤族矣。”帝曰：“侍中犹未知朕意邪？”琦初言绥州不当取，已而夏人诱杀杨定，琦复言，贼既如此，绥今不可弃。枢密院以初议诘之，琦具论其故，卒存之。

熙宁元年（1068年）七月，韩琦复判相州。在相州任上还未满三个月，河北地震，黄河决口，大批灾民流离失所。神宗赐手诏给韩琦，让他迁判重灾区的大名府（今河北大名），兼北京（亦指大名府）留守、河北四路安抚使，并被准许便宜从事。

《名臣碑传琬琰集上》卷1《两朝顾命定策元勋之碑》记载：河北衍地数震，又改河北安抚使、判大名府兼北京留守。

《宋史》卷312《韩琦传》记载：熙宁元年七月，复请相州以归。河北地震、河决，徒判大名府，充安抚使，得便宜从事。