1562－1594年法国发生的内战，不仅是一次宗教战争，而且是一次争夺政权的斗争。内战是两个封建贵族集团利益冲突的必然结果。德国的宗教改革运动，在法国不同阶层中引起不同反应。随着法国专制制度的确立和发展，天主教已成为国教，国王，大贵族和大资产阶级仍然坚持天主教，但城市中的市民阶层和城市平民以及农村雇农等，都迫切要求宗教改革。随着路德新教，特别是卡尔文教在法国的传播，引起大封建贵族，在对待新教的态度上产生了利害冲突。法国北部和中部的大封建贵族坚持天主教，开始迫害新教徒·这一派的首领是军队统帅弗朗索瓦·介斯公爵和掌握内政大权的枢机主教洛林的查理·介斯。他们接近国王，在宫廷拥有很大权力。而法国南部的封建贵族，企图利用卡尔文教同国王的专制主义相对抗，以恢复他们从前的独立地位。他们都加入了卡尔文教派，这一教派的信徒称为“雨格诺教徒”。这一派的首领是波旁的安蒂昂、康迪亲王、那瓦尔的亨利以及海军将领加斯帕尔·德·科里尼。两个封建贵族集团的宗教划分，只是一种外衣，而实际存在着根本的利害冲突。双方的战争处于一触即发之势。1560年查理九世(1560－1574年)即位时年仅十五岁，由母后喀德林摄政。两派贵族以中央宫廷为中心展开了争权夺势的斗争。

1562年3月，介斯公爵对瓦西镇雨格诺教徒的屠杀，成为战争爆发的导火线。宗教战争(史称“雨格诺战争”)继续三十多年，共发生十次大战，可分为三个阶段。1560－1572年为第一阶段。双方以把持国王夺取国家政权为核心展开了斗争，双方交战军队中，都有相当一部分雇佣军，前后交战三次，互有胜负。1570年8月签订圣热曼“和解敕令”，规定新教徒可以在全国范围内作礼拜，可以担任国家官职，最后保留四个要塞，由他们控制。这是雨格诺教徒所取得的最大胜利。1572－1576年为第二阶段，雨格诺教徒控制国王的企图失败，打算在南部建立“国中之国”；介斯党集团开始脱离国王而独树一帜。1572年8月，雨格诺教徒的领导人齐集巴黎，准备那瓦尔王亨利的婚礼。王后及其信徒密谋全部消灭这些雨格诺信徒。8月24日凌晨，亨利·介斯以巴黎各教堂钟声为号，率领武装队伍，屠杀雨格诺教徒两千多人，包括科里尼在内，那瓦尔的亨利和康迪亲王因答应改宗天主教而免于死。24日这一天是圣巴托罗缪节，因此这次屠杀史称“圣巴托罗缪之夜”。许多外省也发生同样的屠杀事件。继圣巴托罗缪之夜以后，又发生了两次战斗。最终不得不准予新教徒在一切地方(巴黎和王宫地区除外)有信教的自由；在高等法院下有权建立自己的分院；除以前要塞外，另加八个要塞。雨格诺教徒加强要塞的防御，配备了两万人驻守，实为“国中之国”。1576－1594年为第三阶段，1576年，介斯党因国王亨利三世宣布，死后王位由那瓦尔的亨利继承。致使介斯党继承王位的计划落空，遂成立天主教联盟，以夺取王位。亨利三世巧妙地利用联盟的内部矛盾，依靠普通贵族和城市的支持，宣布自己为天主教联盟的首脑，并改称为“王家联盟”，改变了联盟的宗旨。1585年，亨利三世的兄弟安茹公爵法兰西斯病死，那瓦尔亨利正式成为王位继承人。介斯党看到大势已去，遂建立“巴黎联盟”，积极策划推翻国王。国王和亨利·介斯矛盾激化，双方发生战争。1588年12月，国王亨利三世杀死亨利·介斯。巴黎城市的天主教徒拒绝服从国王，其他北部为天主教徒控制的城市也仿照巴黎方式实行自主。法国北部陷入分裂，亨利三世离开巴黎。那瓦尔的亨利率军从南方逼近巴黎，于1589年4月与亨利三世会合，共同向巴黎进发。8月亨利三世遭刺客暗害而死。雨格诺派的领袖亨利·波旁成为合法的国王，而联盟的天主教徒和巴黎贵族不愿承认一个新教徒为国王。亨利·介斯的弟弟召募新军，继续同雨格诺教徒作战。西班牙也派军队到法国援助天主教徒。1590年，亨利四世进军巴黎，受阻。亨利为摆脱困境，不顾雨格诺教徒的反对，决心改奉天主教。1593年7月，他宣布放弃新教信仰，重新皈依天主教。1594年3月他进入巴黎，成为全国公认的国王。为了平息雨格诺教徒的愤怒并结束长期的内战，亨利四世经过一系列的磋商，终于1598年4月13日颁布南特敕令。敕令宣布天主教为法国国教，全国恢复天主教的礼拜，已没收的土地和财产归还天主教会。雨格诺教徒则获得信仰和崇拜的自由，他们有权召集自己的宗教会议，在担任国家官职上享受与天主教徒同等的权利。雨格诺派还保留一百多个堡塞，作为国王履行敕令的担保。南特敕令实际上是交战双方妥协的和约，它标志着法国内战的最后结束。由于它承认了新教的信仰自由，所以也是西欧第一个对异教宽容的法令。西班牙也于1598年5月和法国签订条约，退还干涉时期所占领的土地。由于内战的结束，一度动摇的王权在十七世纪前期又重新得以确立。