清代汉传佛教在藏传佛教的冲击下已日渐衰微，完全依靠民间信徒的资助求得发展。尽管条件如此艰难，但是寺庙仍有一定规模与数量。从建筑艺术上来讲，也不乏具有一定价值的优秀作品。例如：北京戒台寺就保持着全国最大的戒坛；北京碧云寺的“田”字形平面的五百罗汉堂，解决了众多偶像所需的大面积殿堂与采光之间的矛盾；重建的镇江江天寺(原称金山寺)雄峙於长江岸边，楼阁亭台互相联属，成为一处有名的风景胜地；宁波天童寺为唐宋以来的禅宗名刹，现存清代重建的大佛殿，上檐进深十二架，下檐前後各三架，总计进深达十八架，结构雄伟异常。

这时期的汉传佛教寺庙建筑更向有特色方面发展，集中反映在佛教四大名山的建筑上。四大名山是历史上逐渐形成的佛教寺庙集中地，其中以五台山历史最久，遍布于五台之内的寺庙有一百余处。其建筑多为北方官式建筑风格，规整平肃，色调艳丽，雕饰繁多，具有豪华气派。明代以後，这里相当多的寺庙改为藏传佛寺，因此清代以来的五台山建筑又杂有藏式装饰风格。峨眉山主峰海拔3099米，山麓至峰顶50余公里，磴道曲折盘回，寺庙皆依附地势，自然成景。寺庙布局不拘一格，高下自由，有极丰富的空间组合。如：报国寺的分台设殿逐级升高，使建筑物气势轩昂；伏虎寺门前的桥亭导引，掩映于楠木浓荫之中；雷音寺建筑则采用部份吊脚楼形式，居高临危；清音阁做成依山高筑不对称的横长形建筑，并且将黑龙江、白龙江夹持的带形地段组织到寺前的布局中，形成极有变化的景观。峨眉山寺庙布局注意与山形水态、植被环境密切结合，使寺庙成为风景名胜的组成部分，一扫传统寺庙一正两厢、伽蓝七堂的呆板定式。九华山寺庙以小型者居多，而且还有大量的庵堂、茅篷，有些仅为二三禅僧静修养性处所。因此九华山寺庙大量采用当地民居形式，乱石墙、小青瓦、少量的粉壁，建筑装修极为简单，不施彩绘，造型不拘定式。甚至有的寺庙跨路而建，朝山者可穿行建筑物中。九华山寺庙开创了一种清新、简朴、自由、轻快的寺庙建筑格调，与藏传佛寺的神秘、汉传佛寺的严肃皆不相同。普陀山是浙东舟山群岛中的一个小岛，岛上建有普济、法雨、慧济三座大型寺庙及其他庵堂、茅篷等。普陀山的特点是将宗教活动与海景奇岩结合为一体，以充实宗教内容，而自然景观与人为构思巧妙地揉和在一起，则是普陀山的最大特点。

在清代寺庙中，尚有一种儒、释、道三教合流的寺庙，即在一个寺庙内同时供养释迦牟尼、太上老君及孔子，山西浑源悬空寺即为一例。同时，该寺另一特色即为梯空架险，以悬挑支承的办法将寺庙建在半山的绝壁之上，几组建筑间以栈道飞桥相联系而组成寺庙。身临此寺，可俯瞰溪谷，仰望绝壁，有如置身云雾之中，表现了中国古代劳动工匠绝妙的建筑巧思。又如宁夏中卫的高庙也是一座佛道混合的寺庙，而且其後部建筑高踞於城墙之上，形成极为高耸而丰富的轮廓线。