公元前2世纪、张骞出使西域，西汉王朝始设西域都护管辖。塔什库尔干地区属于交通要道，“丝绸之路”的咽喉。塔吉克族先民在东西方文化交流中受到熏陶，并发展自己。公元2-3世纪，在塔什库尔干一带出现了朅盘陀国，朅盘陀人是中国塔吉克族的远祖。3-4世纪，他们已发展了灌溉农业，过半农半牧生活。朅盘陀国有12座城堡和10多所寺院。以小乘佛教为国教。唐朝时，属安西都护府管辖。开元(713-741)中，在此设“葱岭守捉”戌所。公元8世纪，朅盘陀国消亡。公元9-16世纪，塔什库尔干地区先后受吐蕃、喀拉汗王朝、西辽、蒙古元朝和察合台汗国的管辖。特别是从10世纪开始传入喀拉汗王朝境内的伊斯兰教，对塔吉克人的影响强烈，以致后来成为全民族信仰的宗教。明朝后期，在色勒库尔的中心地带已有一批塔吉克族小村落。从17世纪后期到19世纪，帕米尔西部和南部的什克南、瓦罕等地的许多塔吉克人迁入色勒为尔，逐渐成为中国的塔吉克族。17世纪中叶，清朝统一全国，对塔什库尔干，沿用元朝的名称“色勒库尔”，建置色勒库尔回庄，归喀什噶尔参赞大臣管辖。

清代的建置，大大加强了塔吉克族地区同南疆维吾尔族地区经济与文化的密切联系。

塔吉克族的祖先大概曾经历过以女性为中心的母权制时代。《大唐西域记·朅盘陀国》在记述其建国传说中称，其始祖母与太阳神相会而孕，生下其王。从塔吉克始祖的传说来看，其先民曾实行过母权制。即汉公主为王期间，是以女性为王并以女世袭的。

自汉公主去世之后，其子袭位。自此朅盘陀国实行的是以男性为中心的父权世袭制，这是塔吉克族先民早期社会的一次重大的变革。由于传统势力的影响，实行这一变革无疑是十分困难的，仅靠个人的力量是不可能的，还必须借助神的力量。而当时他们所崇奉的最高神可能是太阳神，为了取得本国人们的支持和拥护，为了使本国人们承认自己的王位和巩固以男子为中心的父权制。朅盘陀王便宣称自己是太阳神的儿子，与一般的凡人不同。其后裔也编造种种神话，说他出生神异，有许多凡人所没有的特殊本领。自朅盘陀王袭位后，一直是实行王族男性世袭制。

明代和清初，由于许多柯尔克孜族在塔吉克族地区色勒库尔草原上放牧，因而把色勒库尔的塔吉克族作为西布鲁特(清代对柯尔克孜族的称呼)19部之一。乾隆年间，清政府平定准噶尔和南疆大、小和卓叛乱之后，在新疆实行军府制度，设将军府(驻伊犁)统辖新疆，由参赞大臣负责新疆南部的军事和行政。在各城设办事大臣或领队大臣。此后，把塔吉克人聚居的色勒库尔作为一个回庄--色勒库尔回庄。回庄以北仍为柯尔克孜色勒库尔部落的游牧地。色勒库尔回庄受叶尔羌办事大臣管辖，并实行伯克制。由于色勒库尔是边防重地，所以设立的伯克品级较高，为五品阿奇木伯克。阿奇木伯克是地方首席长官，管理地方民政；另设六品的伊什罕伯克和商伯克各一名，七品的阿尔巴布伯克等五名，辅助阿奇木伯克，分管税收、司法等事宜(《新疆识略》卷三)。头几任伯克都是色以提沙利的后代，由清政府任命。十九世纪初以后，由叶尔羌办事大臣另行委派本民族其他上层人士担任这一职务。

1884年新疆建省以后，各地都废除了伯克制度，一些地位较高的伯克改充“头目”，大多数伯克改任乡约和各级衙门的官吏等职务。由于色勒库尔属边远地区，为保障边疆稳定，清政府继续在其地实行伯克制度，仍旧留用正副阿奇木伯克二人。

盛世才统治时期取消了上述所有各级伯克，设立区、乡、村三级行政机构。

1949年以后建立塔吉克族自治县，实现民族区域自治。