这一时期为我国封建专制制度走向腐朽没落时期。明嘉靖之后，由于商品经济的发展，在封建社会内部已经孕育着资本主义萌芽，手工业分工更加细致，纺织、冶炼、制瓷都非常发达，新兴市民阶层产生了初步的民主要求。这种资本主义的萌芽，受到了封建生产关系的种种限制，严重阻碍了生产力的发展，致使资本主义萌芽始终没有得到真正的发展。明末封建统治集团已经极端腐败，统治者穷奢极欲，贪污行贿，搜刮民财，阶级矛盾和民族矛盾十分尖锐。在这种“天崩地解”的形势下，农民起义不断发生，李自成和张献忠领导的农民大起义，是明末规模最大一次反对封建的阶级斗争。1644年，李自成领导的农民起义军推翻了明王朝的腐朽统治。但由于农民起义军政治上缺乏经验，再加上吴三桂勾结清兵，农民胜利的果实，被清朝统治者夺取。清王朝建立之后，在政治上实行高压政策，在思想上继续以程朱理学为官方的正统思想，宣扬纲常名教，维护封建专制制度。进步思想家对封建专制统治极为不满，要求对社会实行改革，批判宋明理学，反对理学禁锢人们的思想，这就成为明末清初在意识形态领域斗争的主要任务。

明末清初哲学的主要特点，就是唯物主义在对先秦以来的唯心主义，特别是对唯心主义理学斗争过程中，把中国古代朴素唯物主义和辩证法思想发展到最高水平。这一时期的哲学斗争，继续围绕着理气、道器、心物、知行、理欲、义利等问题而展开的。唯物主义哲学家王夫之、颜元、戴震和宋以来的程朱唯心主义理学进行斗争。王夫之在对佛老唯心主义和宋明理学唯心主义批判过程中，建立了朴素唯物主义和朴素辩证法相结合的哲学体系。他继承和发展了张载的唯物主义思想，认为“气”是宇宙的本体，万物的本原。说“太虚即气，絪缊之本体”(《张子正蒙注》卷一)“阴阳二气充满太虚，此外更无他物，亦无间隙”(同上)。“气”是不断变化的，“聚则显，显则人谓之有；散则隐，隐则人谓之无。”“散而归于太虚，复其絪缊之本体，非消灭也。聚而为庶物之生，自絪缊之常性，非幻成也。”(同上)强调“气”有形态的变化，而其本体是不生不灭、不增不减。还提出“气者，理之所依也”(《思问录·内篇》)。认为“理”依赖于“气”，无“气”也就无“理”，“尽天地之间，无不是气，即无不是理也”(《读四书大全说》卷十)。“理”在“气”中，“气外更无虚托孤立之理”(同上)。肯定“气”是根本的，离“气”则无“理”，“理者，物之固然，事之所以然也。”(《张子正蒙注》卷五)驳斥了程朱的“理在气先”的唯心主义观点。在“道”与“器”的关系上，认为“器”是根本的，“天下惟器而已矣，道者器之道，器者不可谓之道之器也。”(《周易外传》卷五)指出世界上只有“器”是唯一的存在，“据器而道存，离器而道毁。”(同上，卷二)“无其器则无其道”。还提出“分一为二”和“合二以一”的辩证法思想。说“一气之中，二端既肇，摩之荡之，而变化无穷。”(《张子正蒙源》卷一)指出“合二以一者，既分一为二之所固有矣。”(《周易外传》卷五)论述了对立统一规律，并把这一规律概括为“分一为二”，即统一物分为两个部分。“两端者，虚实也，动静也，聚散也，清浊也，其究一也。”(《思问录·内篇》)“非有一，则无两也。”(《张子正蒙源》卷一)没有统一体，则不能构成矛盾。这种辩证法思想，是超过前人之创见。还论述了运动和静止的关系。认为“方动即静，方静旋动，静即含动，动不舍静。”(《思问录·外篇》)“静也，动之静也。”“废然之静，则是息矣。”(《思问录·内篇》)静止是运动的一种形式，不是绝对的静止，也在运动。运动则是太虚所固有的属性，是永恒的、绝对的。在肯定事物是永恒运动的同时，又提出“天地之化日新”的观点，认为宇宙是不断运动变化的，“日新之化”是事物发展的规律。如果“守其故物而不能日新，虽其未消，亦槁而死。”(《思问录·外篇》)在认识论上提出“因所以发能”，“能必副其所”的思想，肯定“能”是“所”的反映，“能”必须符合“所”，就是说，人的主观认识必须符合客观实际。还批驳了朱熹的“知先行后”和王守仁的“知行合一”说。还强调“理势合一”的历史观，认为郡县制代替分封制，是“势之所趋”，“理”之必然。之后，唯物主义思想家颜元，继续批判了唯心主义理学，提出了他的重视经验的唯物主义认识论。主张认识的对象是客观的事物，指出“知无体，以物为体，犹之目无体，以形色为体也。”(《四书正误》)还认为人在认识事物时，必须发挥认识的能动作用。反对“读书静坐”，提出求知在于实行，认为“读书无他道，只要在行字著力”(《言行录·第二》)。戴震在“天理”和“人欲”的问题上，提出人的情欲是自然的。说“人生而后有欲、有情、有知，三者，血气心知之自然也。”(《孟子字义疏证》)肯定情欲是人的本性，离开了情欲就不成人。认为“理”不是脱离情欲的，“理也者，情之不爽失也。未有情不得而理得者也。”“今以情之不爽失为理，是理者存乎欲者也。”(同上)指出情欲的满足就是“理”，“理存乎欲”中，反对“存天理，去人欲”的思想，揭露程朱所宣扬的“理”是统治者用以杀人的工具。

明末清初的哲学思想，在中国哲学发展史上占有重要的地位。它是我国古代朴素唯物主义和辩证法思想发展到的最高阶段，为我国哲学史留下了丰富宝贵的遗产。特别是通过王夫之、颜元、戴震对唯心主义的批判，从根本上动摇了理学的“权威”，这就为我国近代资产阶级哲学发展创造了有利的条件。