刘裕的一生可谓是赫赫战功，打赢了数不清的战役。在刘裕攻破南燕之后卢循、徐道覆又起兵攻占江州，刘裕立刻发兵攻下江陵，此后又灭尽诸葛氏。

占据岭南的卢循、徐道覆趁刘裕领兵在外，于义熙六年（410年）起兵，进攻江州。朝廷急征刘裕，而当时刘裕刚灭南燕，收到诏书就撤还建康。刘裕至山阳（今江苏淮安市）时知江州刺史何无忌已战死，于是加速回防建康，并于四月赶至。

五月，豫州刺史刘毅大败于卢循。卢循继续东下，而刘裕当时就招募兵众，修治石头城并于当地聚兵。不过，由于刘裕急急南返，士卒多有伤病，而建康兵力亦不过千人，面对有十多万人的卢循大军显得实力悬殊，然而刘裕坚决不肯接受诸葛长民及孟昶奉安帝北归广陵避敌的建议，决意死战。

卢循军到后停驻蔡洲（今江苏江宁县西南江中），刘裕就以木栅阻断石头城及淮口，修治越城（今江宁县南）并建查浦、药园、廷尉三个堡垒，分兵戍守以御卢循，卢循曾分疑兵进攻白石及查浦，自率大军进攻丹阳郡，但都没有取胜，而且在各县中都无法抢掠到物资，于七月退兵江州。

十月，刘裕率刘藩、檀韶、刘敬宣等人进攻卢循，并于十二月以火攻击败卢循船队，卢循试图于左里（今鄱阳湖口）反击，但遭大败，只得南逃广州。但刘裕早已派孙处及沈田子经海路攻占了卢循的根据地番禺，卢循一再败逃，终为交州被刺史杜慧度所杀。徐道覆则在始兴被杀。

刘裕于义熙七年（411年）正月班师回到建康，被改授为大将军、扬州牧，赐班剑二十人，但他极力推辞。随后，刘裕将南征北战中阵亡将士的名单列上，请朝廷为其安葬；如果遗体尚未运回的，派主帅前往收敛，送回本土。卢循之乱基本平定后，刘裕再次辞去大将军之职，安帝于是任他为太尉、中书监。

义熙八年（412年）四月，朝廷以刘毅为荆州刺史。此时，刘毅还割据着豫州、江州，其弟刘藩占据兖州，势力范围包括长江中上游的大部分地区。而刘毅不服刘裕，表面拥戴，内心却极度妒恨，刘裕虽每每以宽柔随顺，但刘毅越加骄纵跋扈，多次阻扰刘裕推行政令和布置人事；并打算扩充自己势力，伺机打垮刘裕。

他亦得朝中有名望人士归心交结，故此迁镇荆州时就将大部分豫州府属及江州的军队都带去荆州，到任后又重新调度荆州郡县首长，更以患病为由请堂弟刘藩去做他副手。刘裕知其有异心，于是假意答允其请求，乘同年九月刘藩自兖州治所广陵入朝时就指称他与谢混图谋不轨，便奏报朝廷，将二人赐死。

随后，刘裕亲自率军讨伐刘毅。他命王弘、王镇恶、蒯恩等率兵进至豫章口，包抄江陵，切断刘毅援兵的进军之路，并在江津烧毁舟船而向前挺进。十月，王镇恶等攻克江陵外城，刘毅固守内城，精锐士卒尚有数千人，两军一直战至太阳西斜。

王镇恶将刘裕招抚城内士兵和百姓的书信送进城内，众军知道刘裕已到，无不失去斗志。天色已暮，刘裕命王镇恶焚烧四周城门，齐力攻打，刘毅部众便纷纷逃散。刘毅从北门出城单骑而逃，自缢身亡。

刘裕随后率军攻克江陵，逐步消灭了刘毅的残余势力，吞并豫、江二州。十一月，刘裕到江陵后，鉴于江州、荆州凋敝残破，法令残缺不全，百姓疲惫匮乏，为赋税劳役所困，难以为生。下令减免税役，并推广到全国，同时对未作军用的州郡县的屯田、池塘、边塞之税，一律免除。对于那些原来因战争需要被征发的奴隶也一律放还。此役后，刘裕割荆州十郡另设湘州，自己加督此州。随后，进拜太傅、扬州牧，加赐羽葆、鼓吹及班剑二十人。

刘毅败亡后，以监太尉留府事驻守建康、多行不法之事的诸葛长民惴惴不安，深恐步刘毅后尘，故而有反叛之意。义熙九年（413年）三月，刘裕班师返回建康，以计诱诸葛长民到东府，在二人谈笑之间，命壮士丁旿从后用杖将其击杀，之后命人诛灭诸葛氏。