明朝开国之初的五十三年（1368～1420年）建都在长江下游的南京。永乐十八年（1420年）迁都北京后，南京成为明朝的留都。

南京地理条件优越，北倚长江，水源充沛，运输便利，南有秦淮河绕城而过，是水运集散地。这里自古就有“龙蟠虎踞”的美誉，钟山龙蟠于东，石城虎踞于西，北有玄武湖一片大水面。从公元3世纪至6世纪曾有六个王朝建都于此，前后达三百余年。公元1366年朱元璋开始就旧城扩建，并建造宫殿。公元1368年朱元璋登皇帝位，南京成为明朝都城。经过二十多年的建设，终于完成了南京作为明帝国首都的格局，全城人口达到百万。

南京是在元代集庆路旧城的基础上扩建的。城市由三大部分组成，即旧城区、皇宫区、驻军区。后两者是明初的扩展。环绕这三区修筑了长达33.68公里的砖石城墙。

旧城区位于秦淮河与长江的交汇处，是城市对外交通的要冲地带，居民密集，商业繁荣，为朝廷服务的大批手工业作坊也设置在这里。由于地近皇城，大臣们的第宅也都集中在此区，如徐达宅在大功坊、常遇春宅在常府街、郑和宅在马府街等。皇帝命令建造的十六处大酒楼则分布在商市汇集的旧城西南一带。

皇城区设在旧城东侧，北枕钟山支脉富贵山，南临秦淮河。既有水运方便，又和旧城紧密相联，各方面都很理想，也合乎风水术所追求的阳宅“背山、面水、向阳”的模式，唯一的缺点是地势低洼。

明初，南京城内外驻军约二十万人，除一部分驻守皇宫和沿江外，大部分军队都驻扎在城内西北地区。这里有大片营房、粮仓、库房和各种军匠工场，形成一个独特的军事区。

在上述三地区的中间位置，建有高大的钟、鼓楼，作为全城报时之所，这显然是接受了元大都的遗规。

南京的道路系统呈不规则布置，城墙的走向也沿旧城轮廓和山水地形屈曲缭绕，皇宫偏于一边，使全城无明显中轴线，一反唐、宋、元以来都城格局追求方整、对称、规则的传统，创造出山、水、城相融合的美丽城市景观。

南京的城墙墙基用条石铺砌，墙身用10厘米×20厘米×40厘米左右的大型城砖垒砌两侧外壁，中实杂土，唯有皇宫区东、北两侧的城墙全部用砖实砌。南京城33.68公里长的城墙，所用之砖由沿长江各州府的一百二十五个县烧制后运抵南京使用，每块砖上都印有监制官员、窑匠和夫役的姓名，其质量责任制之严格可以想见。城墙沿线共辟十三座城门，门上建有城楼，重要的城门设有瓮城，其中聚宝门、通济门、三山门是水陆交通要道，每门都设有三道瓮城以加强防卫。当初城墙上建有军士宿卫用的窝铺房二百座，雉堞一万三千余个。现城墙尚存21.35公里，窝铺无存，雉堞有少数残留。

1 11月